Assim como em outras séries (babylon 5, por exemplo), Arquivo X não é apenas um monte de contos que começam e terminam no mesmo episódio.
Há por trás da série uma grande novela, que conta a história de um grupo de seres humanos que negocia com os alienígenas a colonização da Terra, em um futuro próximo.
O sindicato está trabalhando há anos na preparação da coolonização da Terra pelos alienígenas.
Em uma relação tensa, os membros do sindicato se dividem entre os que defendem uma total submissão e os que defendem a busca de garantias.
Os alienígenas assumem várias formas, desde a mais conhecida (corpo pequeno, olhos grandes) até o misterioso óleo negro.
Para ajudar no processo de colonização foram criados híbridos humanos-alienígenas, que tem grandes poderes, entre eles a capacidade de mudar de rosto ou curar pessoas.
A data para a colonização estaria marcada para daqui a 50 anos.
Os alienígenas, na forma de um óleo negro, infectariam as pessoas e tomariam seus corpos. Também foi criado um método através de abelhas mutantes, que ao picar as pessoas transmitiriam um vírus de varíola modificado.
O sindicato também é responsável pelas "abduções", sequestros aparentemente alienígenas.
As pessoas abduzidas são submetidas a várias experiências e tem implantados microchips na nuca (esses microchips parecem ter uma função de controle sobre as pessoas, fazendo com que elas se dirijam a um determinado local quando acionados a distância).
A agente Scully foi abduzida por ordem do Canceroso para tentar conter as investigações de Mulder, mas o diretor Skinner reabriu os arquivos X, na época fechados, como resposta.
Scully reapareceu e voltou ao trabalho sem lembranças do sequestro.
Posteriormente, descobriu o implante em sua nuca e o removeu, o que iniciou uma reação que lhe proporcionou um câncer incurável.
Foi curada quando Mulder encontrou outro microchip que, implantado no local do anterior, fez a doença regredir.
No sindicato existem duas correntes, a que prefere se submeter totalmente aos alienígenas e outra que prefere buscar garantias, como uma vacina contra o óleo negro.
Ambos sabem que diante do poder dos invasores um acordo para preservar os membros da organização é muito frágil.
O sindicato parece ter uma estrutura interna simples.
Os líderes, entre eles o Homem das Unhas Bem Feitas, comandam os responsáveis pelas ações, entre eles o Canceroso, Alex Krycek e, antigamente, William Mulder e Garganta Profunda.
O pai de Mulder parece ter tido grande participação no projeto. Porém, alguma coisa aconteceu e ele resolveu abandoná-lo, o que aparentemente levou o sindicato a abduzir sua filha, Samantha, como garantia de seu silêncio. Outra provável motivo desse sequestro é um provável romance que aconteceu entre a Sra. Mulder e o Canceroso, o que deixou uma dúvida quanto a paternidade de Fox e Samantha Mulder. O Canceroso já foi confirmado como pai do agente Spender, que teve sua mãe abduzida, coisa que ele não acredita e prefere ocultar, não acreditando na versão de sua mãe. Em um dos últimos episódios do quinto ano o Canceroso aparece escrevendo uma carta para seu filho, o agente Spender, onde menciona uma lenda sobre dois irmãos. Seriam esses dois irmãos Mulder e Spender?
CUIDADO!!! A PARTIR DAQUI HÁ INFORMAÇÕES DIRETAS SOBRE O LONGA METRAGEM. CASO AINDA NÃO TENHA ASSISTIDO, ISSO PODE ESTRAGAR ALGUMAS SURPRESAS.
No filme descobrimos que o Sindicato tem um líder, Conrad Strughold, um industrial alemão que atualmente comanda as pesquisas com abelhas no norte da África.
Também fica clara a posição de submissão da organização em relação aos alienígenas.
Isso leva o Homem das Unhas Bem Feitas a sacrificar-se pelo futuro de seus netos, dando a vacina contra o óleo negro (desenvolvida no episódio "A Paciente X - Parte II") para Mulder.
Mulder consegue contaminar uma grande base alienígena na Antártida com a vacina, levando os alienígenas a fugirem em uma enorme nave espacial. O filme termina mostrando que as pesquisas para a colonização continuam, e com Conrad Strughold dizendo ao Canceroso, sobre Mulder: "Um homem sozinho não pode resistir ao futuro".
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Zona by Rik